Bei der Familienaufstellung nach Hellinger werden vom Aufstellenden beliebige Personen (möglichst Männer für Männer und Frauen für Frauen) aus dem Kreis der Anwesenden stellvertretend für Familienmitglieder räumlich so angeordnet, dass sie seiner Wahrnehmung der Familiensituation entsprechen. Die Veränderung der Sicht der Probleme des Klienten soll sich dann durch intellektuelle und emotionale Erkenntnisse aus einem wissenden Feld (Albrecht Mahr) vollziehen, die der Klient aus dieser Aufstellung und der (v.a. unmittelbaren und unbewussten) Reaktion der beteiligten Personen gewinnt.
Bert Hellinger hat seine Aufstellungsarbeit unter dem Eindruck des Einflusses ethnischer Konflikte in Familiensystemen weiter entwickelt und führt heute immer häufiger die so genannten „Bewegungen der Seele und des Geistes“ durch, bei denen die Stellvertreter sich schweigend ihren Bewegungsimpulsen aus der Rolle und dem systemischen Feld überlassen. Dies führe meist zu dramatischen zumeist lösenden Bewegungsbildern, in die der Leiter nur noch spärlich eingreife.
Bei Aufstellungen sei immer wieder zu beobachten, dass der Stellvertreter recht genaue Auskunft über die Befindlichkeit derjenigen Originalpersone sowie deren Beziehungsgeflechten geben könne, den sie vertritt. Die hohe Übereinstimmung zwischen Aussagen von Stellvertretern und Originalpersonen sei bereits erforscht worden (u.a. von Gert Höppner, s. Literaturverzeichnis unten). Insofern bringe die Aufstellung etwas Verborgenes ans Licht, das sich jenseits von Manipulation und bewusstem Hintergrundwissen zeigen könne. Daraus ergäben sich Möglichkeiten, das Beziehungsgeflecht des aufgestellten Systems zu bearbeiten und Lösungsmöglichkeiten zu finden.
Nach Bert Hellinger war das Familienstellen am Anfang zunächst nur eine Methode, um festzustellen, wie die Beziehungen in einer Familie beschaffen sind und was dort wirke. Es war in erster Linie zielneutral.
Der Hauptfokus der Methode richtet sich weniger auf den Aufstellenden selbst als auf sein Familien- bzw. Organisationssystem und das tragende Beziehungsgeflecht. Es geht primär darum, Lösung für das System und die Beziehungen darin zu bewirken, aus der sich Lösung für den Aufstellenden ergeben kann.
Zentral ist dabei der Begriff der Ordnung für Hellinger: Alles unterliegt einer höheren Macht, die eine bestimmte Ordnung herstelle. Weitere zentrale Begriffe sind das Gewissen und die Zugehörigkeit sowie der Ausgleich von Geben und Nehmen sowie deren Wirkungen in Systemen; wobei Hellinger z. B. drei Arten von Gewissen unterscheidet, welche hierarchisch und oft gegeneinander wirken: das individuelle, das systemische und das „große“ Gewissen.
Aufstellungen sind nach Bert Hellinger nicht primär eine therapeutische Methode, sondern ein Werkzeug, das in vielen Bereichen sinnvoll eingesetzt werden kann. Hellinger besteht dabei darauf, dass ein Bereich dabei kein Recht für sich beanspruchen dürfe, in den anderen kontrollierend einzugreifen.
Mittlerweile spricht Hellinger ausdrücklich davon, dass er selbst in seiner Arbeit lediglich „Lebenshilfe“ leiste, eine Hilfe für die Betroffenen, zu einem besseren Leben zu kommen. Einen psychotherapeutischen Anspruch lehnt er inzwischen kategorisch ab.
Hellinger arbeitete in Israel mit dem nationalen Holocaustzentrum AMCHA zusammen.
Haim Dasberg aus Jerusalem, der diese Zusammenarbeit organisiert hatte, schreibt: „Ich habe die große Hoffnung, dass diese Erfahrungen (dass die Stellvertreter beider Seiten – der Täter u n d der Opfer aufeinander zugehen und gemeinsam über die Toten trauern und weinen … dann entsteht in ihrem Herzen ein Bild, wie die Versöhnung zwischen ihnen gelingt und wie ein Kreis sich endlich schließt) … auch über das Familien-Stellen hinaus auf einer höheren und umfassenderen Ebene wirksam werden.“ Es ging hier um Verständnis für die Täter- und die Opferseite während des zweiten Weltkriegs. Dort warb er um Verständnis für die oft schwierige Arbeit der SS und der Wehrmacht während des zweiten Weltkriegs. „Es ist für mich auch ganz klar, wenn man auf unsere Soldaten vom letzten Krieg schaut, dass die Soldaten schon Helden waren. Was sie in diesem Krieg an Heldenmut geleistet in oft verzweifelten Situationen und mit letztem Einsatz, das war schon überragend. Dass das jetzt alles verteufelt wird, schwächt unsere Generation“.
Die von Hellinger bei Familienaufstellungen praktizierte Vorgehensweise wurden seit den 1990er Jahren auch auf andere Systeme (Arbeitsteams und Organisationen) übertragen und werden in allgemeinem Kontext systemische Aufstellungen oder Systemaufstellungen genannt. Aufstellungen im Unternehmenskontext werden als Organisationsaufstellungen bezeichnet. Ferner können innerhalb von Systemaufstellungen auch abstrakte Begriffe z.B. „das Ziel“, „das Hindernis“ aufgestellt werden. Aufstellungen mit abstrakten Elementen werden als Strukturaufstellungen bezeichnet.