Gerda Boyesen entwickelte unter anderem die Theorie, dass der Abbau psychischen Stresses auch mit dem Verdauungssystem zusammenhängt. Sie entwickelte eine Technik der Massage, durch die stagnierende Kreisläufe, d.h. der Ausdruck verdrängter Gefühle, wieder in Gang gebracht werden können. Dies zeige sich darin, dass dabei ähnliche Darmgeräusche entstehen wie bei der Verdauung von Nahrung, Äusserungen einer von ihr so genannten Psychoperistaltik. Dieser unbewusste Prozess der „Verdauung“ psychischer Probleme induziere oft bewusste Einsichten in die eigene Situation und erleichtere die Problembewältigung. Gerda Boyesen wurde wegen ihrer Methode von Kollegen oft als "Dame mit dem Stethoskop" bezeichnet, welches sie zur besseren Wahrnehmung der Darmgeräusche auf den Bauch ihrer Klienten legte. Sie unterschied eine Vielzahl von Peristaltikgeräuschen und verwertete sie diagnostisch für Rückschlüsse auf die unbewussten Prozesse des Klienten. Für Gerda Boyesen war es ein gutes Zeichen, wenn am Ende einer Klientensitzung die "Psychoperistaltik" in einer bestimmten Weise aktiv war. Dies bedeute, es löse sich etwas und könne sich neu organisieren.
Neben dieser Methode der sanften Massage arbeitete sie auch mit der Vegetotherapie von Wilhelm Reich sowie mit gesprächstherapeutischen Anleihen bei Freud, C. G. Jung und anderen. Dabei soll der Klient unterstützt werden, das eigene seelische Erleben zu erforschen (Introspektionsfähigkeit), seinen körperlich-seelischen Impulsen zu folgen und diese auszudrücken. Unbewusste Konflikte würden dadurch zutage gefördert, dem Bewusstsein zugänglich und könnten dann psychotherapeutisch weiterbearbeitet und schließlich gelöst werden.
Ein weiteres Element ist das Deep Draining, eine besondere Art der Massage, bei der "tiefere Schichten" berührt werden, um verfestigte körperliche wie psychische Haltungen zu beeinflussen. Neurotische Muster sollen dabei aufgespürt, gelockert und schließlich gelöst werden.
Neben Jay Stattmann (Unitive Körperpsychotherapie), Alexander Lowen (Bioenergetik), David Boadella (Biosynthese), Ron Kurz (Hakomi) ist Gerda Boyesen eine der Begründerinnen der modernen Körperpsychotherapien. Gerda Boyesen ist Ehrenmitglied der European Association for Body-Psychotherapy (EABP) sowie Ehrenpräsidentin der Gesellschaft für Biodynamische Psychologie (GBP e.V.), dem Berufsverband der Biodynamischen Therapeuten in Deutschland. Die Ausbildung zum Biodynamischen Körperpsychotherapeuten durch die Europäische Schule für Biodynamik und Erogenetik (ESBPE) in Lübeck ist von der EABP als Psychotherapieausbildung anerkannt. Die von Gerda Boyesen in ihrem letzten Lebensjahrzehnt praktizierte und gelehrte Form biodynamischer Psychotherapie wird heute von Siegfried Bach als Leiter des Instituts für Biodynamik fortgeführt.
